През втората половина на 1948 г. обаче се наблюдава ново активизиране на репресивната политика по отношение на Църквата, като се търсят различни варианти за налагане на контрол върху Синода. В партийните документи от този период никъде не се споменава възможността за физическо премахване на някой митрополит, но в един доклад на помощник-министъра на вътрешните работи генерал Йонко Панов относно „политическото състояние на БПЦ” от 23 юни 1949 г. се предлага:
Да стане една минимална чистка във върховете, което ще стресне останалите митрополити, от някои от които ще може да се вземат ангажименти към ОФ власт и ще се насърчи прогресивното свещеничество. Да се отстранят от начало русенския Михаил, търновския Софроний и видинския Неофит, които са предни представители на реакцията.
Докладът предлага това да стане чрез „съкращаване на епархиите по бюджетни съображения” или като бъде въведена пенсионна възраст за митрополитите.
От какво ще ги чистите? От фарисейския квас ли?